On kuitenkin ollut useita tapauksia, joissa hänen ajateltiin kuolleen , mukaan lukien:
* "Death of Spider-Man" -tarina (1992-1993): Tämä pahamaineinen tarinakaari näki Hämähäkkimiehen ilmeisesti tappaneen Vihreän Goblinin. Myöhemmin kuitenkin paljastettiin, että Goblin oli todella tappanut Hämähäkkimiehen kloonin ja todellinen Peter Parker oli edelleen elossa.
* "One More Day" -tarina (2007): Tässä tarinassa Spider-Man teki sopimuksen paholaisen Mephiston kanssa pelastaakseen May-tädin hengen. Tämän seurauksena hänen avioliittonsa Mary Jane Watsonin kanssa pyyhittiin pois, ja Hämähäkkimies jäi ilmeisesti yksin ja ilman perhettä.
Vaikka nämä tapahtumat olivat suuria käännekohtia Spider-Manin elämässä, hän lopulta selvisi ja jatkoi seikkailujaan.
On tärkeää huomata, että Marvel Comicsissa on ollut vaihtoehtoisia todellisuuksia ja universumeja, joissa Spider-Man on kuollut, mutta nämä tapahtumat eivät koske pääjatkuvuutta.