Hän on kuitenkin kokenut useita kuolemanläheisiä kokemuksia ja on tapettu eri aikajanalla ja tarinassa :
* Kloonisaaga (1994-1996): Tämä pahamaineinen tarina näki Spider-Manin näennäisen kuolevan ja sen tilalle tuli klooni, vaikka tämä lopulta paljastuikin petokseksi.
* "One More Day" (2007): Tässä tarinassa Hämähäkkimies tekee sopimuksen Mephiston kanssa pelastaakseen May-tädin hengen, mutta sen kustannuksella, että hänen avioliittonsa Mary Jane Watsonin kanssa poistetaan.
* "The Death of Spider-Man" (2004): Tämä oli erillinen jatkuvuus Marvel-pääuniversumin ulkopuolella, jossa Vihreä Goblin tappoi Hämähäkkimiehen.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Tällä tulevalla aikajanalla vanhempi, uupunut Hämähäkkimies kuoli viimeisen taistelun jälkeen Vihreän Goblinin kanssa.
On tärkeää huomata, että nämä ovat erityisiä tapauksia eivätkä koske Marvel-pääuniversumia. Vaikka Spider-Man on kohdannut monia haasteita ja tragedioita, hän on edelleen ikoninen sankari Marvel-universumissa.