Tässä muutamia syitä, miksi jotkut eivät pitäneet elokuvasta:
* Lähdemateriaalista lähtö: Monien mielestä elokuva poikkesi liian kauas Lewis Carrollin alkuperäisestä romaanista ja lisäsi uusia hahmoja ja juonen elementtejä, joita jotkut pitivät tarpeettomina tai ärsyttävinä.
* Liian tumma sävy: Burtonin tunnusomaista tummaa ja goottilaista tyyliä sovellettiin elokuvaan, joka oli joidenkin mielestä liian synkkä ja hämmentävä lapsille tarkoitettuun tarinaan.
* Johdonmukaisuuden puute: Jotkut kriitikot pitivät juonetta sekavana ja hämmentävänä, sillä elokuva tuntui enemmän sarjalta irrotetuista kohtauksista kuin yhtenäiseltä kertomukselta.
* Inspiroimattomat hahmot: Hahmoja, erityisesti Sydänkuningatar ja Hullu Hatuntekijä, kritisoitiin yksiulotteisuudesta ja kirjallisten kollegoidensa syvyyden ja viehätyksen puutteesta.
* CGI:n liiallinen käyttö: Vaikka visuaaliset tehosteet olivat vaikuttavia, jotkut kokivat niitä liikaa, mikä loi steriilin ja keinotekoisen tunnelman, joka vähensi elokuvan viehätystä.
Elokuva sai kuitenkin kiitosta myös visuaalisesta tyylistään, Johnny Deppin roolistaan Hullun Hatuntekijänä ja musiikista.
Loppujen lopuksi se, pidätkö "Liisa ihmemaassa" -elokuvasta, on henkilökohtaisen maun asia. Jotkut ihmiset arvostavat sen ainutlaatuista näkemystä ja visuaalista spektaakkelia, kun taas toisten mielestä se on rakastetun klassikon virheellinen ja tarpeeton muunnelma.