Hänet löytyi kuolleena toimistostaan New Yorkin Greenwich Villagessa. Hänen kuolemansa katsottiin murhaksi , johtuen manuaalisesta kuristamisesta ja päähän kohdistuneesta tylppästä voimasta tehdystä traumasta .
Tapausta käsiteltiin alun perin mahdollisena itsemurhana, mutta myöhemmässä tutkimuksessa paljastui, että Shellyn murhasi rakennustyöläinen nimeltä Diego Pillco .
Pillco, joka oli työskennellyt rakennuksessa, jossa Shellyn toimisto sijaitsi, tunnusti rikoksen ja tuomittiin taposta .
Shellyn kuolema oli traaginen menetys elokuvateollisuudelle, ja hänen perintönsä innostaa edelleen pyrkiviä elokuvantekijöitä.