Sodan aikana Yahiko, Nagato ja Konan olivat todistamassa sodan kauhuja ja päättivät jonain päivänä luoda maailman ilman sotaa ja kipua. He muodostivat Akatsukin, järjestön, joka on omistautunut rauhan saavuttamiseen kaikin tarvittavin keinoin.
Aluksi Akatsuki oli pieni organisaatio, joka keskittyi auttamaan pieniä kyliä ja maita, jotka olivat kärsineet sodasta. Organisaation vallan ja vaikutusvallan kasvaessa se alkoi kuitenkin kiinnittää suurempien shinobikylien huomion. Kylät alkoivat nähdä Akatsukit uhkana ja ryhtyivät toimiin järjestöä vastaan.
Kylien painostuksen seurauksena Akatsukit alkoivat muuttua. Siitä tuli enemmän militarisoitua ja se alkoi keskittyä vallan hankkimiseen rauhan saavuttamisen sijaan. Järjestö alkoi värvätä S-luokan rikollisia, ja sen menetelmät muuttuivat yhä armottomaksi.
Lopulta Naruto Uzumaki ja hänen ystävänsä voittivat Akatsukin, ja sen jäsenet olivat hajallaan ympäri maailmaa. Akatsukin perintö elää kuitenkin edelleen, ja se on edelleen ääriliikkeiden vaarojen symboli.