Fagotti on kaksoiskiekkopuhallinsoitin, kun taas huilu on puupuhallinsoitin, jota soitetaan puhaltamalla ilmaa reiän poikki. Fagotin soittamiseen vaadittava embouchure (huulen sijoitus) ja ilmavirta ovat aivan erilaisia kuin huilun soittamiseen, joten fagottinsoiton oppiminen ei ole helpompaa jo huilunsoiton oppineelle. Itse asiassa se voi olla jopa vaikeampaa, sillä fagottia pidetään yleensä haastavampana soitinna oppia kuin huilua.