Bachin aikana orkesterit olivat tyypillisesti pieniä, noin 20-30 muusikkoa. Nämä kokoonpanot koottiin usein tiettyihin tilaisuuksiin, kuten oopperoiden tai kirkkomusiikin esityksiin, ja instrumentointi saattoi vaihdella tapahtumapaikan ja käytettävissä olevien resurssien mukaan.
Orkesterin ydin koostui tyypillisesti jousisoittimista, mukaan lukien viulut, alttoviulut, sellot ja kontrabassot (kontrabassot). Puupuhaltimia ja vaskipuhallinsoittimia lisättiin usein antamaan väriä ja vaihtelua. Yleisiin puupuhaltimiin kuuluivat huilut, oboet ja fagottit, kun taas vaskipuhaltimia olivat trumpetit, torvet ja pasuunat.
Bachin aikana orkesterisoittimia ei standardoitu niin kuin nykyään. Esimerkiksi huiluja ja oboja oli monenlaisia, ja jokaisella oli oma ainutlaatuinen viritys ja ominaisuudet. Tämä tarkoitti, että muusikoiden oli oltava monipuolisia ja sopeutuvia, ja heidän täytyi säätää soittoaan annetuista instrumenteista riippuen.
Ajan rajoituksista huolimatta Bach oli orkesterisävellyksen mestari. Hänen orkesteriteoksilleen on ominaista rikkaat tekstuurit, taitava kontrapunktio ja ilmeikäs instrumentoinnin käyttö. Joitakin hänen tunnetuimpia orkesteriteoksiaan ovat Brandenburgin konsertit, orkesterisviitit ja sinfoniat hänen kantaateistaan.
Bachin musiikilla oli syvällinen vaikutus myöhempiin säveltäjiin, ja hänen innovaationsa orkesterikirjoituksessa auttoivat muotoilemaan modernin orkesterin kehitystä.