iTunesiin tuotu musiikki:
> - Jos lisäät musiikkitiedostoja iTunes-kirjastoon ja järjestät ne tietokoneen kansioihin (hallittu iTunes-kirjasto), tiedostojen poistaminen suoraan kansiosta saattaa myös poistaa ne iTunesista. Kun iTunes synkronoidaan iPhonen kanssa, nämä poistetut tiedostot eivät enää ole laitteessa.
Manuaalisesti lisätty musiikki:
> - Jos kopioit musiikkitiedostoja manuaalisesti iTunesin ulkopuoliseen kansioon (hallittu iTunes-kirjasto), kyseiseen kansioon tehdyt muutokset eivät välttämättä vaikuta iTunesiin jo lisättyihin kohteisiin, ellet suorita tiettyjä toimia iTunesissa itse. Kuitenkin musiikki, jonka poistat iTunesista iPhonen kanssa synkronoinnin aikana, poistetaan laitteesta seuraavan synkronoinnin aikana.
Joten jos haluat poistaa musiikin pysyvästi sekä iTunesista että iPhonesta ja välttää päällekkäisyyksiä, on yleensä parempi poistaa tiedostot suoraan iTunes-kirjastosta. Tämä voidaan tehdä valitsemalla kappaleet ja valitsemalla tiedostovalikosta "Poista".