Arsenal Gear on massiivinen sukellusvene, joka on aseistettu ydinaseilla. Sitä hallitsee Solidus Snake, terroristijärjestön Sons of Liberty johtaja. Pelaajahahmon Raidenin täytyy soluttautua Arsenal Geariin ja estää Solidusta käyttämästä ydinaseita.
Taistelu Soliduksen kanssa on jännittävä ja haastava taistelu. Solidus on voimakas vastustaja, ja hän käyttää erilaisia aseita ja tekniikoita voittaakseen Raidenin. Raidenin on käytettävä kaikkia taitojaan ja kykyjään voittaakseen Soliduksen ja pelastaakseen maailman.
Arsenal Gearin tuhoutuminen ja viimeinen taistelu Solidus Snaken kanssa on ikimuistoinen hetki, koska se on pelin käännekohta. Se on kohta, jossa Raiden lopulta voittaa vihollisensa ja pelastaa maailman. Se on myös suuren katarsisin hetki, kun Raiden lopulta kostaa vanhempiensa kuoleman.