Kun Rorschach kaivaa syvemmälle, hän löytää salaliiton, jossa on mukana ryhmä pukeutuneita valvojia, jotka tunnetaan nimellä Minutemen, jotka olivat aktiivisia 1940- ja 1950-luvuilla. Hän oppii myös aineesta nimeltä "Prometheus", jolla on voima antaa ihmisille supervoimia.
Rorschach tekee yhteistyötä Nite Owlin, entisen supersankarin, joka on nyt eläkkeellä, ja Dr. Manhattanin, voimakkaan ja jumalan kaltaisen olennon kanssa, jonka Veidt loi. Yhdessä he kohtaavat Veidtin ja huomaavat, että hän on salaliiton päämies. Veidtin suunnitelma on käyttää Prometheusta suuren kaupungin tuhoamiseen, mikä yhdistää maailman pelossa ja estää ydinsodan.
Rorschach, Nite Owl ja tohtori Manhattan yrittävät pysäyttää Veidtin, mutta ovat liian myöhäisiä. Veidt räjäyttää pommin tuhoten New Yorkin ja tappaen miljoonia ihmisiä. Katastrofin jälkiseuraukset jättävät maailman kaaokseen ja epävarmuuteen.
Vartijat on monimutkainen ja moraalisesti moniselitteinen tarina, joka tutkii sankarillisuuden, valppauden sekä hyvän ja pahan luonteen teemoja. Se on myös kommentti kylmästä sodasta ja ydinsodan uhkasta.