Murder on the Orient Express perehtyy identiteetin teemaan ja sen monimutkaisuuteen. Romaani esittelee useita hahmoja, joilla on erilaiset taustat, kulttuurit ja agendat, joista jokainen kätkee piilossa olevan identiteetin tai kantaa salaisuuksia. Etsivä Poirot'n on katsottava pinnan ulkopuolelle selvittääkseen matkustajien todelliset luonteet ja motiivit.
Myös oikeudenmukaisuuden teemalla on tärkeä rooli tarinassa. Poirot ei pyri ainoastaan ratkaisemaan rikosta, vaan myös varmistamaan, että oikeus toteutuu. Matkustajat kohtaavat eettisen dilemman, kun he kokoontuvat päättämään murhaajan kohtalosta. Heidän on päätettävä, noudattavatko he tiukkoja laillisia menettelyjä vai ottavatko asiat omiin käsiinsä saavuttaakseen oikeudenmukaisuuden tunteen, jonka he pitävät tarpeellisena.
Romaani herättää kiehtovia kysymyksiä ihmisidentiteetin monimutkaisuudesta, moraalin monitulkintaisuudesta sekä totuuden ja oikeudenmukaisuuden etsimisestä.