The Disappearance of Nagato Yuki-chan sijoittuu vaihtoehtoiseen todellisuuteen, jossa Yuki Nagato on SOS-prikaatin ainoa jäsen. Muut klubin jäsenet, mukaan lukien Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina ja Itsuki Koizumi, ovat kaikki kadonneet. Yuki on päättänyt selvittää, mitä hänen ystävilleen tapahtui, ja tuoda heidät takaisin.
Sarja kerrotaan Yukin näkökulmasta ja tutkii hänen ajatuksiaan ja tunteitaan hänen tutkiessaan katoamisia. Siinä käsitellään myös SOS-prikaatin jäsenten välisiä suhteita ja sitä, miten katoamiset ovat vaikuttaneet heihin.
The Disappearance of Nagato Yuki-chan on saanut kiitosta hahmonkehityksestä ja ystävyyden ja uskollisuuden teemojen tutkimisesta. Sarjaa on kehuttu myös kauniista kuvituksistaan ja alkuperäisten valoromaanien uskollisista sovituksista.
The Disappearance of Nagato Yuki-chan on pakollista luettavaa Haruhi Suzumiyan melankolian faneille ja kaikille, jotka nauttivat hyvästä mysteeristä.