Tarina alkaa Ozista vuoden 1939 elokuvan The Wizard of Oz tapahtumien aikana ja esittelee kaksi nuorta naista, jotka eivät voisi olla erilaisia. Elphaba, tuleva lännen paha noita, on itsepäinen ja väärinymmärretty tyttö, jolla on syntyessään smaragdinvihreä iho. Galinda, tuleva pohjoisen hyvä noita, on kaunis ja suosittu blondi, joka on aina saanut kaiken mitä on koskaan halunnut.
Eroistaan huolimatta Elphabasta ja Galindasta tulee ystäviä Shizin yliopistossa, maagisessa akatemiassa, jossa he opiskelevat taikuutta. Heidän ystävyytensä joutuu kuitenkin koetukselle, kun Elphabaa syytetään Ozin velhon vakoojana. Galinda on velhon puolella, ja Elphaba joutuu pakenemaan yliopistosta.
Elphaba lähtee matkalle löytääkseen todellisen identiteettinsä ja kohtalonsa, ja matkan varrella hän tapaa useita mielenkiintoisia hahmoja, mukaan lukien Peltimiehen, Scarecrow ja pelkurileijonan. Hän joutuu myös kasvokkain Ozin velhon kanssa, joka osoittautuu voimakkaaksi mutta korruptoituneeksi mieheksi.
Lopulta Elphaban on päätettävä, käyttääkö hän voimiaan hyvään vai pahaan. Lopulta hän päättää käyttää voimiaan auttaakseen Ozin ihmisiä, ja hänestä tulee rakastettu hahmo Ozianin historiassa.
Teemat
Wicked tutkii useita teemoja, mukaan lukien hyvä vs. paha, ystävyyden luonne ja itsensä hyväksymisen merkitys. Esitys haastaa myös perinteiset käsitykset sankaruudesta ja roistosta ja viittaa siihen, että ihmisissä on usein enemmän kuin näkee.