Pokémon Crystalissa matkustat kaupunkien välillä eri tavoilla:
* Kävely: Yleisin menetelmä, etenkin pelin alussa.
* Pyöräily: Saatavilla, kun hankit polkupyörän Goldenrod Cityn Pyörätieltä.
* Vene: Käytettiin matkustamiseen tiettyjen kaupunkien välillä, kuten New Bark Townista Violet Cityyn.
* Juna: Käytettiin matkustamiseen tiettyihin kaupunkeihin, kuten Goldenrod Citystä Ecruteak Cityyn. Ostat junaliput ajaaksesi, mutta sinulla ei ole erityistä "railpassia".
Pelissä ei ole rail pass -järjestelmää, kuten joissakin myöhemmissä Pokemon-peleissä, kuten Pokemon Diamond, Pearl ja Platinum.