Tarinan edetessä kuitenkin syntyy jännitteitä, kun valittu ryhmä sikoja alkaa manipuloida ja hyödyntää tovereitaan. Konflikti kiihtyy, kun siat ovelan ja autoritaarisen villisian Napoleonin johdolla alkavat muokata seitsemää käskyä – maatilan johtavia periaatteita – palvellakseen omia etujaan.
Napoleon ja hänen sikatoverinsa ottavat vähitellen johtorooleja ja luovat hierarkkisen järjestelmän, joka asettaa heidät muiden eläinten yläpuolelle. Tämä johtaa syvään kahtiajakoon eläinyhteisössä, sillä Napoleon ja hänen kätyrinsä nauttivat etuoikeuksista ja ylellisyydestä, kun taas muut eläimet työskentelevät tilan ylläpidon eteen.
Konfliktin ympärillä on sikojen valtapyrkimys ja muiden eläinten kamppailu säilyttääkseen alkuperäisen kapinansa ihanteet. Viime kädessä Animal Farmin todellisen tasa-arvon vaalimisen haasteiden tutkimisesta tulee totalitaaristen yhteiskuntien kritiikkiä ja näennäisen jalon ideologioiden korruptiota.