Tarina alkaa siitä, että Ben vastaanottaa vihjeen vintage -medaljonkin muodossa, jossa on salaperäinen viesti. Tämä johtaa hänet maapallon ratattavaan seikkailuun kaikkialla Euroopassa, missä hänen on purettava historialliset esineet ja löydettävä avain vapaamuurarien piilotettuun holviin.
Matkan varrella hänen kumppaninsa Riley Poole ja hänen isänsä Patrick Gates, jotka ovat vastahakoisesti osallistuneet hakuun. He kohtaavat jatkuvaa vastustusta Ian Howe, kilpailevan aarremetsästäjän, joka etsii samaa palkintoa, ja abigail -nimisen ovela ja salaperäisen naisen, joka väittää olevansa omat syyt aarteen etsimiseen.
Matka vie heidät Lontoon, Pariisin ja Kiinan suureen seinään, koska ne purkavat vihjeitä piilossa historiallisissa asiakirjoissa ja maamerkeissä. Elokuvassa on jännittävä huipentuma, jossa Benin on kilpailtava aikaa vastaan löytääkseen aarteen ja puhdistaakseen isänsä nimen.
Viime kädessä "National Treasure:Book of Secrets" on hauska, vauhdikas seikkailu, joka sekoittaa historiallisen juonittelun huumoriin ja sydämeen. Se jatkaa ensimmäisen elokuvan perintöä ja tarjoaa kiehtovan mysteerin, joka pitää katsojat sitoutuneena loppuun asti.