Kidutuskammio sijaitsi tornin kellarissa ja koostui sarjasta pieniä, tummia soluja. Jokainen selli oli varustettu erilaisilla kidutusvälineillä, mukaan lukien telineet, ruoskat ja peukaloruuvit. Vangit riisuttiin usein alasti ja heitä kidutettiin tuntikausia yrittäessään saada tunnustuksia tai tietoa heidän uskonnollisista vakaumuksistaan.
Jotkut yleisimmistä Torre de la Inquisiciónissa käytetyistä kidutusmenetelmistä olivat:
- Teline: Vanki sidottiin puurunkoon ja venytettiin, kunnes heidän nivelensä sijoittuivat.
- piiska: Vankia ruoskittiin nahka- tai metallitangoista tehdyllä ruoskalla.
- Peukaloruuvit: Vangin peukalot puristettiin kahden metalliruuvin väliin.
- Vesihoito: Vanki pakotettiin juomaan suuria määriä vettä, kunnes hän oksensi tai hukkui.
- Tulipalo: Vanki poltettiin kuumilla hiileillä tai soihduilla.
Torre de la Inquisición oli julma ja pelottava paikka, ja monet siellä kidutetuista vangeista kuolivat vammoihinsa. Kidutuskammio suljettiin lopulta 1700-luvulla, mutta se on edelleen hyytävä muistutus Espanjan inkvisition synkästä historiasta.