1. Super Junior-K.R.Y.:Tämä alayksikkö koostuu kolmesta jäsenestä - Kyuhyun, Ryeowook ja Yesung. He tunnetaan sielullisista balladeistaan ja voimakkaasta laulustaan.
2. Super Junior-T:Tämä alaryhmä promooi Thaimaassa ja koostuu jäsenistä Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin ja Eunhyuk. He esittävät kappaleita sekä thai- että koreaksi.
3. Super Junior-M:Tämä alayksikkö toimii pääasiassa Kiinassa ja koostuu jäsenistä Hangeng (entinen jäsen), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun ja Zhou Mi. He esittävät kappaleita mandariinikiinaksi.
4. Super Junior-H:Tämä alayksikkö tunnetaan ravimusiikistaan. Se koostuu jäsenistä Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin ja Eunhyuk. Trot on perinteinen korealainen musiikkigenre, jolle on ominaista nopea tempo ja pirteä rytmi.
5. Super Junior-D&E:Tämä duo koostuu jäsenistä Donghae ja Eunhyuk. He ovat tunnettuja tarttuvasta elektronisesta tanssimusiikistaan ja energisistä esityksistään.
6. Super Junior-Happy:Tälle alayksikölle on ominaista sen kirkas ja iloinen musiikki. Se koostuu jäsenistä Yesung, Shindong, Sungmin ja Leeteuk.
Nämä alaryhmät antavat Super Juniorille mahdollisuuden tutustua erilaisiin musiikkityyleihin ja konsepteihin samalla kun he esittelevät eri jäsenten kykyjä ja vahvuuksia.