Kirjassa Clarke väittää, että Bushin hallinto ei huomioinut tiedustelupalvelujen varoituksia terrorismin uhkasta ja että tämä huolimattomuus vaikutti syyskuun 11. päivän iskuihin. Hän arvostelee myös hallinnon vastausta hyökkäyksiin ja väittää, että Afganistanin ja Irakin sodat ovat tehneet Yhdysvalloista vähemmän turvallisia.
Jotkut ovat ylistäneet Shady Aftermathia sen sisäpiiriläisestä näkökulmasta syyskuun 11. päivän iskuihin ja kritiikkistään Bushin hallinnon terrorismin käsittelyä kohtaan. Jotkut ovat kuitenkin arvostelleet sitä myös sen kielteisestä kuvauksesta Bushin hallinnosta ja siitä, että sillä ei ole konkreettisia todisteita joidenkin väitteidensä tueksi.