Hiipentuma: X-Men ja liittolaiset kohtaavat Sebastian Shaw'n ja hänen mutanttipahisten tiiminsä viimeisessä välienselvittelyssä ydinsukellusveneessä. Erik Lehnsherr (Magneto) yrittää aluksi kostaa mutantteja vastaan tehdyistä julmuuksista ja uhkaa käyttää sukellusveneen ydinohjuksia maailman tuhoamiseen.
Käännekohta: Charles Xavier (professori X) puuttuu asiaan vetoamalla Erikin ihmisyyteen ja muistuttaa häntä, että heidän todellinen päämääränsä on suojella mutantteja, ei tuhota ihmiskuntaa. Tämä kahden ystävän välisen yhteyden hetki kääntää taistelun käänteen.
Voitto: X-Men onnistuu Moira MacTaggertin avulla riisumaan ohjukset aseista ja kukistamaan Shaw'n ja hänen tiiminsä.
Karvansuloinen loppu: Vaikka he ovat saavuttaneet väliaikaisen voiton, elokuva päättyy melankoliseen säveleen:
* Erikin petos: Erik, vaikka Charlesin sanat vaikuttivatkin häntä, on edelleen syvästi haavoittunut mutanttien vainosta ja kävelee pois aloittaakseen oman polkunsa, mikä viittaa mahdolliseen tulevaan konfliktiin Charlesin ja X-Menin kanssa.
* Kaarlen syyllisyys: Charlesin sydän särkyy Erikin lähdön vuoksi ja kantaa oman syyllisyytensä taakkaa Kuuban ohjuskriisin tragediaan, jonka hän tietämättään auttoi estämään, mutta tuhansien ihmishenkien kustannuksella.
* Uusi aikakausi alkaa: Elokuva päättyy X-Menin muodostumiseen tiiminä, joka on omistautunut suojelemaan sekä ihmisiä että mutantteja, mutta tuntemaan tulevaisuuden epävarmuutta ja Erik Lehnsherrin kasvavan katkeruuden aiheuttamaa mahdollista uhkaa.
Loppu jättää viipyvän kysymyksen: Pysyvätkö Erik ja Charles vastakkaisilla puolilla vai löytävätkö he tavan silittää erimielisyytensä? Tämä kysymys asettaa pohjan X-Men-franchisingin tulevaisuudelle.